在1653年克里米亞韃靼人第三次背叛哥薩克后，赫梅利尼茨基明白了他無法再依靠克里米亞汗國來進(jìn)行反波斗爭了，酋長被迫轉(zhuǎn)而向莫斯科公國尋求援助。協(xié)商開始于1654年1月的佩列亞斯拉夫，協(xié)商雙方中哥薩克一方包括赫梅利尼茨基和很多哥薩克，而莫斯科一方由瓦西里·布圖爾林帶領(lǐng);協(xié)商終止于4月的莫斯科，其中烏克蘭一方為薩米洛·博格丹諾維奇-扎魯?shù)履崤c帕夫洛·泰泰里亞，而俄方為亞列克謝·特魯貝茨科伊、瓦西里·布圖爾林和其他莫斯科貴族(波雅爾)。 在條約中，扎波羅熱哥薩克與莫斯科公國形成宗主地位，并且一分為二;哥薩克酋長國首都為切黑倫與扎波羅熱，國家中心在扎波羅熱要塞要塞周圍。這份條約也引發(fā)了1654年至1667年間的俄波戰(zhàn)爭。

赫梅利尼茨基去世后，他的兒子尤里·赫梅利尼茨基被任命為他的繼任者。但是，很不幸的是，他既年輕又無經(jīng)驗，但更明顯的是，他沒什么魅力，和像他父親一樣的領(lǐng)導(dǎo)才能。

1657年，酋長國總理大臣、博格丹·赫梅利尼茨基的顧問伊凡·維霍夫斯基當(dāng)選酋長，取代了尤里。維霍夫斯基試圖制定一個更加獨立于莫斯科的政策，并將自己定位為內(nèi)戰(zhàn)的中間派。扎波羅熱哥薩克首領(lǐng)亞基夫·巴拉巴什和馬丁·普什卡爾發(fā)動起義，這場起義在1658年6月于波爾塔瓦附近爆發(fā)的血腥沖突中達(dá)到頂點。在這場沖突中，維霍夫斯基雖然取得勝利，但是實力也被削弱，他決定與莫斯科公國斷絕關(guān)系，在1658年9月16日與波蘭簽署哈蒂亞希條約。

在條約中，烏克蘭將成為波蘭立陶宛聯(lián)邦第三個獨立主體，處在波蘭國王的君權(quán)之下，但擁有自己的軍隊、法院和國庫。但這份條約從未實行，因為它不受烏克蘭下層民眾的歡迎，下層民眾也發(fā)動了更多起義。最終維霍夫斯基辭職，逃到波蘭。

這也導(dǎo)致了所謂的“毀滅時代”。在這個時期，內(nèi)戰(zhàn)遍布整個國家，直到17世紀(jì)。

在1667年毀滅時代時，俄波雙方簽署安德魯索沃條約，結(jié)束雙方的戰(zhàn)爭，條約中哥薩克酋長國被分成左岸烏克蘭和右岸烏克蘭。酋長國只剩下左岸烏克蘭與其核心基輔，和部分獨立于莫斯科公國的主權(quán)、右岸烏克蘭除了基輔以外，都劃歸波蘭立陶宛聯(lián)邦所有，酋長國的所有行政機(jī)關(guān)都被廢除，波蘭王國恢復(fù)了切爾尼戈夫省、基輔省和布拉茨瓦夫省的建制。

在伊凡·馬澤帕被選為酋長后，毀滅時代正式結(jié)束了。馬澤帕給國家?guī)砹朔€(wěn)定。他讓烏克蘭再次統(tǒng)一于酋長的統(tǒng)治之下。酋長國在他的統(tǒng)治下欣欣向榮，而該國的文學(xué)和建筑學(xué)則更是。在馬澤帕的統(tǒng)治時期發(fā)展出來的建筑形式被稱為烏克蘭巴洛克風(fēng)格。在馬澤帕的統(tǒng)治時期時，沙皇俄國和瑞典帝國之間爆發(fā)了大北方戰(zhàn)爭。馬澤帕與彼得一世的聯(lián)盟讓酋長國損失了很多哥薩克，也讓俄羅斯干涉酋長國的內(nèi)政。在沙皇拒絕出兵保衛(wèi)烏克蘭，阻止卡爾十二世的盟友波蘭國王斯坦尼斯瓦夫·萊什琴斯基進(jìn)攻烏克蘭后，馬澤帕與扎波羅熱哥薩克在1708年10月28日與瑞典人結(jié)盟。關(guān)鍵之戰(zhàn)發(fā)生在1709年6月的波爾塔瓦，這場戰(zhàn)役俄羅斯勝利，也擊碎了馬澤帕讓烏克蘭獨立的目標(biāo)，烏克蘭的主權(quán)在之前的一份條約中被與瑞典的主權(quán)綁定在一起。波爾塔瓦戰(zhàn)役之后，酋長國的主權(quán)變得有名無實，而俄羅斯也成立了基輔省。

在葉卡捷琳娜二世統(tǒng)治時期，哥薩克酋長國的主權(quán)被日漸剝削。在先前的幾次嘗試后，酋長一職最終在1764年被俄羅斯政府廢除，被小俄羅斯執(zhí)行管理委員會替代。于是，酋長國完全被俄羅斯帝國吞并。1775年5月7日，在女皇葉卡捷琳娜的直接命令下，扎波羅熱要塞被毀。6月5日，俄羅斯炮兵和步兵包圍了部落，并將其夷為平地。俄軍對哥薩克實施裁減，國庫檔案被沒收?？平B夫依酋長佩特羅·卡利尼舍夫斯基遭到逮捕，并被流放至索洛韋茨基群島。這也終結(jié)了扎波羅熱哥薩克。