葉爾羌汗國(guó)最強(qiáng)盛時(shí)的疆域，包括天山南部、巴爾喀什湖以東以南地區(qū)、伊賽克湖地區(qū)、費(fèi)爾干納盆地，巴達(dá)克山和瓦汗地區(qū)，管轄著祖國(guó)西部的實(shí)際版圖。

葉爾羌汗國(guó)是一個(gè)信奉伊斯蘭教的蒙古王朝。汗國(guó)的統(tǒng)治階級(jí)為信仰伊斯蘭教的察合臺(tái)后裔，主要居民則是維吾爾族。汗國(guó)的政治體制既帶有草原游牧民族的色彩，又吸收借鑒了南疆綠洲政治體系的長(zhǎng)處。

汗國(guó)信奉伊斯蘭教，各和卓的勢(shì)力很大。速檀賽德曾經(jīng)想成為一位德?tīng)柧S希(即托缽僧)，投身和卓馬黑麻·尤素福的門(mén)下，后來(lái)及時(shí)受勸阻。由此時(shí)起，和卓家族興起。后來(lái)分為黑山派和白山派，兩派互斗不已，直到亡國(guó)。

白山派的支持者是哈薩克人，黑山派的支持者是吉爾吉斯人。白山派在喀什噶爾統(tǒng)治，黑山派在葉爾羌統(tǒng)治。因?yàn)楹髞?lái)很多大城市由吉爾吉斯人管理，因此葉爾羌汗國(guó)有時(shí)被稱(chēng)為吉爾吉斯汗國(guó)，由于汗國(guó)大部制度和成吉思汗時(shí)代無(wú)異，只是信奉伊斯蘭教。汗國(guó)的官員分為軍事官員、宮廷官員、中央官員、宗教人士官員。汗由庫(kù)里爾臺(tái)推舉。法官由宗教官員與世俗官員出任。由案情決定，官教案件由哈的負(fù)責(zé)，習(xí)慣法由伯克負(fù)責(zé)。亡國(guó)后，阿帕克和卓充當(dāng)噶爾丹的傀儡政權(quán)繼續(xù)在葉爾羌的統(tǒng)治。

葉爾羌汗國(guó)時(shí)期，伊斯蘭教滲透到維吾爾族社會(huì)生活的各方面，蘇菲派得到迅速發(fā)展，教團(tuán)首領(lǐng)掌握著眾多的穆里德(即信徒)和經(jīng)濟(jì)特權(quán)。拉失德汗(1533～1559)時(shí)，中亞賽蘭人穆罕默德·謝里夫在葉爾羌創(chuàng)建了亞薩維教團(tuán)的分支——烏瓦伊西耶，這是新疆重要的蘇菲教派之一，他被汗尊為宗教導(dǎo)師。1540年前后，中亞撒馬爾罕納格什班迪耶教團(tuán)謝赫麥赫杜姆·阿扎姆走訪(fǎng)葉爾羌，其后，他的兒子伊斯哈格·吾里和長(zhǎng)子穆罕默德·伊敏(依禪卡朗)之子穆罕默德·優(yōu)素福等先后到國(guó)內(nèi)傳教，逐漸形成以葉爾羌為中心的伊斯哈格系和以喀什噶爾為中心的伊禪卡朗系，并演化為黑山派、白山派之爭(zhēng)。這時(shí)期重要的蘇菲主義團(tuán)體除烏瓦伊西耶外，還有伊薩克耶、依乃克耶、米斯克耶和達(dá)瓦尼耶，均屬納格什班迪耶教團(tuán)在新疆的分支。這些教派對(duì)中國(guó)內(nèi)地的回族門(mén)宦產(chǎn)生了一定影響。

汗國(guó)時(shí)期，維吾爾族文化取得成就。“察合臺(tái)文學(xué)”的創(chuàng)作十分活躍，著名音樂(lè)《木卡姆》在拉失德汗時(shí)代整理定型，重要的歷史文獻(xiàn)有穆罕默德·海達(dá)爾的《中亞蒙兀兒史一拉失德史》、馬哈茂德·楚拉斯的《編年史》等。后期至和卓統(tǒng)治時(shí)代，“蘇菲文學(xué)”統(tǒng)治了文化領(lǐng)域，出現(xiàn)了大量神秘主義著作和圣徒傳記。在賽依德汗統(tǒng)治時(shí)，曾以“圣戰(zhàn)”的名義對(duì)周鄰非穆斯林的民族發(fā)動(dòng)了多次戰(zhàn)爭(zhēng)，規(guī)模最大的一次是1532～1533年對(duì)西藏拉薩的遠(yuǎn)征，以失敗告終。葉爾羌汗國(guó)時(shí)期，由于政治、宗教、文化、文字等方面實(shí)現(xiàn)了統(tǒng)一，形成近代維吾爾民族。