葉爾羌汗國的創(chuàng)建者薩亦德汗,為東察合臺汗國東部統(tǒng)治者阿黑麻汗的第三子。他14歲時,隨父親去塔什干支援伯父馬合木汗抗擊月即別(烏茲別克)的昔班尼汗。東察合臺汗國軍隊被打敗,潰退時薩亦德速檀(sultan,在東察合臺汗國和葉爾羌汗國時代意為“王子”)受傷,被棄于戰(zhàn)場,后被投進監(jiān)獄。一年后昔班尼汗再次進兵費爾干,把他從監(jiān)獄中釋放出來,“待之如己出”。薩亦德速檀隨昔班尼汗出征喜撒兒和昏都思,然后返回撒馬爾罕。他趁昔班尼汗出征花剌子模,逃回東察合臺汗國,供職于伯父馬合木汗的政府。薩亦德速檀是一位精明強干和雄才大略的人,看不慣伯父的懶散和疏忽,又逃離開伯父,進入弟弟哈里勒速檀任監(jiān)治官的吉利吉思人中間。過了4年,其兄滿速兒汗又進攻他們。薩亦德速檀德戰(zhàn)敗,逃出東察合臺汗國,流浪中亞,再次入獄,僥偉獲釋,潛逃至喀布爾,受到莫臥爾帝國創(chuàng)建者巴布爾大帝的厚遇,因為巴布爾大帝的母親是羽奴思汗的女兒,薩亦德速檀與他是姑表兄弟。在這里薩亦德速檀度過了“一生中最無憂無慮、最快活的”三年。

1510年冬,昔班尼汗在馬魯被伊朗薩法維王朝沙·亦思馬因擊敗,死亡。朵豁剌惕部異密賽亦德·馬黑府趁機趕走烏茲別克人,占領(lǐng)費爾干地區(qū),向巴布爾大帝派出信使,希望得到支持。巴布爾大帝派薩亦德帶領(lǐng)一些擁護他的蒙古異密前往。薩亦德受到當(dāng)異地密的歡迎,并表示臣服。薩亦德先擊退了烏茲別克速檀的進攻,又粉碎了葉爾羌統(tǒng)治者阿巴軋乞兒的進犯。1514年春，烏茲別克速檀又組織大規(guī)模的進攻。薩亦德考慮到費爾干地區(qū)為四戰(zhàn)之區(qū),經(jīng)常受到幾方面的侵襲,且地域狹小,糧賦難以供給一支強大的軍隊,不能建立一個足以控制中亞的政權(quán)。為前途計,他決定在烏茲別克大軍到來之前主動撤離這一地區(qū)。1514年夏,薩亦德的隊伍到達阿圖什。他把家屬、輜重留在這里,率領(lǐng)4700名戰(zhàn)士前攻喀什噶爾,雖獲小勝,但攻城不下,于是決定直取阿巴眈乞兒的首府葉爾羌。但是在進軍途中一部分軍官畏懼險難,企圖逃離開薩亦德,軍心動搖。薩亦德決定先取英吉沙爾,以穩(wěn)定軍心,鼓舞士氣,經(jīng)過五晝夜的強攻,守將投降。這時阿巴扎乞兒正在葉爾羌城外檢閱新征集的軍隊,聽說英吉沙爾陷落和喀什噶爾守將棄城逃跑,又看到這支新征集的軍隊素質(zhì)太差,便返回城中收拾細軟,命兒子賈罕杰兒留守,自己向和田方向逃跑。賈罕杰兒聽說薩亦德的軍隊就要到,下令人人可以帶走弄到手的任何財物,帶不走的就燒掉,葉爾羌城又遭到一次浩劫。薩亦德的軍隊未受到任何阻擋就開進了葉爾羌城。他們在拉達克追上了阿巴禮乞兒,就地處死。賈罕杰兒投降,被安置在英吉沙爾,不久被人暗殺。

1514年9月3日,薩亦德在眾異密的擁戴下登上汗位,定都于葉爾羌,史稱葉爾羌汗國。薩亦德汗主動向滿速兒汗派出使臣求和,并表示臣服。滿速兒汗正怕薩亦德汗報復(fù),接到使臣帶來的書信,十分高興。公元1516年,兩兄弟在各自實際控制的領(lǐng)地的交界處一阿克蘇和庫車之間舉行了會晤。這次會晤,不僅在形式上恢復(fù)了東察合臺汗國的統(tǒng)一,而且創(chuàng)造了一個和平的社會環(huán)境。1517年,吉利吉思人入襲費爾干地區(qū),搶劫居民,薩亦德汗出兵收復(fù)了這一地區(qū)。1522年,薩亦德汗領(lǐng)兵進入蒙古斯坦,趕走占領(lǐng)這一地區(qū)的吉利吉斯人和哈薩克人,派長子拉失德帶領(lǐng)一些蒙古人駐守這里。但是不久哈薩克人又涌進這一地區(qū),拉失德無力抵抗,退回喀什噶爾。薩亦德汗于1519年和1530年兩次進攻巴達克山,將其一半領(lǐng)土并入葉爾羌汗國的版圖。 是一位伊斯蘭教徒,因此對異教徒也不斷地進行所謂“圣戰(zhàn)”?？耸裁谞?、拉達克和西藏都遭到過他的軍隊的劫掠。他本人也是在進行這種“圣戰(zhàn)”中,因高原反應(yīng),死于拉達克,時為公元1533年。

拉失德汗于公元1533年繼承父位。他面臨的局勢同東察合臺汗國的第二代君主也里牙思火者差不多,要么消滅朵豁剌惕部異密,做一個真正有實權(quán)的汗,要么做朵豁剌惕部異密的傀儡,甚至被殺而取代。但是拉失德汗與也里牙思火者汗不同,是一位經(jīng)過殘醋的戰(zhàn)爭鍛煉、具有雄才大略的年青有為的君主。他一登上汗垃立即對朵豁剌惕部異密進行了果斷而徹底的鎮(zhèn)壓。朵豁剌惕部異密家族作為中央政權(quán)的一種對立勢力,是造成東察合臺汗國經(jīng)常政局不穩(wěn)和封建混戰(zhàn)的主要根源,被拉失德汗徹底消滅了。滿速兒汗聽說薩亦德汗去世,率軍進攻阿克蘇;拉失德汗也率軍迎戰(zhàn)。滿速兒汗無功而還。滿速兒汗不死心,又組織了一次進攻;拉失德汗再次率軍迎戰(zhàn)。這次滿速兒汗失敗;拉失德汗俘獲頗多,勝利而歸。 拉失德汗同烏茲別克昔班尼王朝結(jié)成同盟,然后出兵攻打哈薩克人,恢復(fù)了在蒙古斯坦中部地區(qū)的統(tǒng)治。以后他又出兵攻打過吐魯番和安集延。1559年，拉失德汗外出巡視,死于和田效區(qū)。拉失德汗是葉爾羌汗國史上一位有作為的君主。在他統(tǒng)治時期,汗權(quán)鞏固,社會安定,領(lǐng)土進一步擴大;蒙古部族在城市和農(nóng)業(yè)地區(qū)定居下來,開始同當(dāng)?shù)鼐用袢诤稀?/p>

拉失德汗死后,長子早亡,次子阿卜都哈林繼位。七子虎來失(和田總督)反叛,以后進入吐魯番地區(qū)。阿卜都哈林汗兄弟馬黑麻(阿克蘇總督)、瑣非(喀什噶爾總督)、阿卜撒因(新任和田總督)前往鎮(zhèn)壓。虎來失戰(zhàn)敗,被流放到印度。吐魯番和哈密地區(qū)進入葉爾羌汗國的版圖。自東察合臺汗國中期以來,天山以南分為東西兩部的局面結(jié)束,統(tǒng)一的政權(quán)出現(xiàn)了。它有利于經(jīng)濟文化的發(fā)展和交流,有利于近代維吾爾族的形成,這是一種歷史的進步。 阿卜都哈林汗死于1592年,弟馬黑麻繼位，他對待平民比較寬厚,壓制高利貸者,注意發(fā)展經(jīng)濟。他在任吐魯番總督時就向明朝派遣過使臣,登上汗位后再次向明朝派出使臣。葉爾羌汗國同明朝保持著密切的貿(mào)易關(guān)系,他們視之為“金路”,一旦誰妨礙其揚通,就會遭到汗國的普遍反對。在馬黑麻汗統(tǒng)治時期葉爾羌汗國達到了鼎盛階段。馬黑麻汗死后,兒子阿黑麻續(xù)位。吉利吉思人聽說馬黑麻汗去世,出兵攻打阿克蘇。阿黑麻調(diào)遣軍隊擊退了吉利吉思人的進攻,但是并未沏底打敗他們。從此吉利吉思人成為葉爾羌汗國的嚴重威脅。同時汗國內(nèi)部也不穩(wěn)定:舍剌甫丁速檀(拉失德汗之孫、羽奴思速檀之子)在一些異密的擁護下,在喀什噶巴稱汗。阿黑麻派出大軍才把叛立者鎮(zhèn)壓下去。吐魯番總督阿卜剌因(拉失德汗之幼子)在實際途制了察力失以后,向阿克蘇進軍。阿黑麻汗親自率軍迎戰(zhàn),才遏制住他的勢力向西繼續(xù)發(fā)展。但是,從此以后阿卜剌因也自稱為汗,其子一直統(tǒng)治著汗國的東部地區(qū)。不久,連阿黑麻汗自己的女婿、阿克蘇總督伊思坎達爾也叛立,葉爾羌汗王朝費了很大的力量才慎壓下去。但就是在這種局勢下,耽于游樂的阿黑麻汗還經(jīng)常外出狩獵。

1619年,阿黑麻汗在巴楚圍獵時被叛亂的異密殺死。叛軍擁立忽剌亦思(拉失德汗之孫、羽奴思速檀之子)為汗,占據(jù)了葉爾羌?？κ哺翣柕漠惷軅儞砹⒑诼楹沟拇巫影⒉范祭岣楹?并向葉爾羌進軍,經(jīng)過激戰(zhàn)消滅了叛軍。在這一系列的封建割據(jù)混戰(zhàn)和爭奪汗位斗爭中,交戰(zhàn)各方都是力爭境外勢力(如吉利吉思、哈薩克或瓦剌)和境內(nèi)和卓家族勢力的支持;而境外勢力和和卓家族也通過交戰(zhàn)各方擴大自己在汗國的影響,以至把他們變?yōu)樽约旱目堋?阿卜都拉提甫汗統(tǒng)治期間,吉利吉思是最大的外患,曾進犯過汗國。阿卜都拉提甫汗名義上是汗國的最高統(tǒng)治者,但實際統(tǒng)治地區(qū)僅東起庫車,西到與巴達克山交界的地方。阿卜達拉赫汗統(tǒng)治時期,瓦剌勢力進一步發(fā)展,多次入襲葉爾羌汗國,前鋒直達和田。庫車也在瓦剌的策動下公開叛立,阿卜達拉赫親自率領(lǐng)軍隊去鎮(zhèn)壓了這次叛亂。接著他又乘勝出兵博洛爾和巴達赫山,經(jīng)過三個月的征戰(zhàn),降服了這兩個地區(qū),使它們重入葉爾羌汗國的版圖。在阿卜達拉赫汗統(tǒng)治湖間,中原地區(qū)發(fā)生了巨大的政治變動:滿族建立的清朝取代了漢族建立的明朝。1656年通過吐魯番向清朝遣使“進議’。順治皇帝“敕諭”,“勞賜”。于是葉爾羌汗國同清朝開始了政治經(jīng)濟往來。 尤勒巴爾斯要求父親給予更大的權(quán)力,父子開始不和。實質(zhì)上這是喀什噶爾的白山派和卓要求控制中央政權(quán)的黑山派和卓讓出更多的權(quán)力。白山派和卓極力向葉爾羌的統(tǒng)治集團滲透,這引起阿卜達拉赫汗的不安、猜忌、殘殺。結(jié)果人心惶惶,許多異密轉(zhuǎn)移到他兒子方面。在眾叛親離的情況下,公元1667年阿卜達拉赫汗只好以“最體面”的方式放棄汗位一去阿拉伯朝圣。

當(dāng)阿卜達拉赫汗放棄汗位出走的同時,黑山派和卓穆罕默德·阿卜達拉赫(和卓沙迪之子)率領(lǐng)全體生徒和大部分異密也離開葉爾羌前往阿克蘇。阿克蘇的異密同這一集團聯(lián)合,隨后,和田的異密也加入進來。為名正言順,他們派人去瓦剌首領(lǐng)阿勒坦臺吉那里要來伊斯梅爾(阿卜剌因汗之子,阿卜達拉赫汗之弟),宣布為汗,并決定向葉爾羌進軍。阿勒坦臺吉也派瓦剌軍隊來支援。雙方在離葉爾羌城不遠的地方澎遇,展開激戰(zhàn)。尤勒巴爾斯戰(zhàn)敗,搶先退進城中。伊斯梅爾圍攻不下,退回阿克蘇。 1678年,尤勒巴爾斯在白山派和卓支持下登上汗位。他們對跟隨黑山派和卓去阿克蘇的生徒和異密的家屬大肆殺戮,并派出軍隊進攻阿克蘇。

1670年4月2日伊斯梅爾汗和黑山派和卓穆罕默德·阿卜達拉赫一起進入葉爾羌城。伊斯梅爾舉行傳統(tǒng)的登基儀式,宣布為全國的君主。他派和卓葉爾和異密基亞斯伯克去喀什噶爾,他們在那里處死尤勒巴爾斯汗的兒子們,對白山派進行了血腥的鎮(zhèn)壓。 白山派首領(lǐng)阿帕克和卓逃出喀什噶爾,潛入克什米爾,從這里又進入西藏。他晉見了達賴喇嘛五世,博得了這位佛教首領(lǐng)的歡心,遂派他攜帶書信去見準(zhǔn)噶爾的渾臺吉噶爾丹。公元1680年,噶爾丹派出12萬瓦剌騎兵,翻越天山,經(jīng)阿克蘇、烏什、喀什噶爾,到達葉爾羌。噶爾丹的軍隊,在白山派和卓生徒的全力配合下,經(jīng)過激烈的戰(zhàn)斗,攻下了葉爾羌城。守將伊瓦茲伯克戰(zhàn)死,伊斯梅爾汗及汗室成員被俘,送往伊犁。在此前,吐魯番地區(qū)已被瓦剌占領(lǐng)。至此,整個葉爾羌汗國滅亡,天山以南的廣大地區(qū)進入準(zhǔn)噶爾汗國的版圖。