布哈拉汗國(guó)共分為三個(gè)王朝：昔班尼王朝(1500年—1599年)、阿斯特拉罕王朝(又稱(chēng)“札尼王朝”，1599年—1785年)和曼吉特王朝(又稱(chēng)“海達(dá)爾王朝”、“布哈拉埃米爾國(guó)”，1785年—1920年)。

1500年，烏茲別克人首領(lǐng)昔班尼率兵自北進(jìn)入河中地區(qū)，占領(lǐng)撒馬爾罕，推翻帖木兒后裔在中亞的統(tǒng)治，建立昔班尼王朝。該王朝原定都于撒馬爾罕，1561年遷都布哈拉，遂稱(chēng)布哈拉汗國(guó)。1505年，昔班尼奪取花剌子模，1507年，攻取赫拉特，滅帖木兒帝國(guó)。1510年，昔班尼為費(fèi)爾干納統(tǒng)治者莫臥兒王朝的巴布爾和波斯人的薩法維王朝聯(lián)軍所敗，陣亡于梅爾夫城。昔班尼死后，國(guó)家瀕于崩潰。1512年，昔班尼之侄速云赤執(zhí)政時(shí)，率軍在尼爾杜萬(wàn)戰(zhàn)役中打敗薩法維王朝和巴布爾的軍隊(duì)，恢復(fù)和鞏固了烏茲別克人在河中地區(qū)的統(tǒng)治。在阿布德·阿拉赫二世統(tǒng)治時(shí)期，布哈拉汗國(guó)國(guó)勢(shì)強(qiáng)盛，重新征服霍拉桑、花拉子模，奪取費(fèi)爾干納和塔什干，并侵入哈薩克草原腹地。1598年，阿布德·阿拉赫二世死后，國(guó)內(nèi)動(dòng)亂，霍拉桑等地復(fù)失。

1599年，阿斯特拉罕王朝開(kāi)始統(tǒng)治布哈拉汗國(guó)。該朝伊瑪目·庫(kù)里在位時(shí)，加強(qiáng)中央集權(quán)，以伊斯蘭教法治國(guó)，政治經(jīng)濟(jì)相對(duì)穩(wěn)定，商業(yè)繁榮，紡織品、陶器、紙張遠(yuǎn)銷(xiāo)國(guó)外。其后烏茲別克人各氏族割據(jù)勢(shì)力日漸強(qiáng)大，王族內(nèi)訌加劇，波斯薩法維王朝、阿夫沙爾王朝、印度莫臥兒王朝和希瓦汗國(guó)也乘機(jī)頻繁入侵。蘇布汗·庫(kù)里在抵御外部入侵和平定內(nèi)亂中取得一定成就，但汗國(guó)日趨衰落和陷于分裂。18世紀(jì)前期，浩罕(中心在費(fèi)爾干納)從布哈拉汗國(guó)分裂出去，建立了獨(dú)立的浩罕汗國(guó)。1740年，波斯納迪爾沙入侵，阿布都拉·哈茲投降，于1747年遇害。烏茲別克封建王朝逐漸重新成為波斯各個(gè)封建王朝的附屬?lài)?guó)。

阿斯特拉罕王朝末代可汗阿布·加茲統(tǒng)治期間，曼吉特首領(lǐng)馬?！ど场つ吕掠⑵渑⒙赝醭?。在他統(tǒng)治期間，采用“埃米爾”稱(chēng)號(hào)，實(shí)行行政和財(cái)政方面的改革，興修水利，發(fā)展農(nóng)業(yè)，加強(qiáng)了布哈拉汗國(guó)的中央政權(quán)。納斯?fàn)枴ぐ⒗铡ぐ凸艩柦y(tǒng)治時(shí)期，加強(qiáng)軍隊(duì)建設(shè)，不斷擴(kuò)張領(lǐng)土，力圖稱(chēng)霸河中地區(qū)，并多次出兵對(duì)浩罕汗國(guó)進(jìn)行軍事干涉。1868年，在穆扎法爾丁·巴哈杜爾統(tǒng)治時(shí)期，布哈拉汗國(guó)淪為沙皇俄國(guó)的附庸。1920年9月，當(dāng)?shù)厝嗣窈吞K俄紅軍推翻曼吉特王朝，建立布哈拉蘇維埃人民共和國(guó)，布哈拉汗國(guó)正式滅亡