新疆自古就是我國(guó)領(lǐng)土神圣不可分割一部分，清朝時(shí)期的新疆叛亂規(guī)模比較大，多虧了左宗棠雷霆手段才得以平息。

清初，我國(guó)西北地區(qū)的蒙古族分為漠南蒙古、漠北喀爾喀蒙古(明代稱韃靼)和漠西厄魯特蒙古(明代稱瓦剌)三大部。漠北喀爾喀蒙古內(nèi)部分為扎薩克圖、士謝圖、車臣三部;漠西厄魯特蒙古內(nèi)部分為準(zhǔn)噶爾、和碩特、杜爾伯特、士爾扈特四部。漠南蒙古又稱內(nèi)蒙古，早在滿族入關(guān)前，漠南蒙古各部早在皇太極時(shí)期已經(jīng)歸附清廷，建有蒙古八旗，王公貴州也接受清朝賜給的親王、郡王、貝勒、貝子等封爵稱號(hào)，并保持世代聯(lián)姻關(guān)系，成為滿清統(tǒng)治者最得力的助手?？柨γ晒藕投螋斕孛晒鸥鞑?，也與清廷關(guān)系密切。如喀爾喀三部，從崇德三年(1638年)起，每年向清廷獻(xiàn)白駝一、白馬八，謂“九白之貢”。

噶爾丹叛亂。厄魯特蒙古的準(zhǔn)噶爾部(蒙語左冀)，帶有濃厚的氏族制殘余，經(jīng)常動(dòng)掠、奴役他部，從十七世紀(jì)中葉以后逐漸強(qiáng)盛起來?？滴醭跄?，噶爾丹自立為汗，相繼吞并厄魯特諸部，征服南疆回部，勢(shì)力達(dá)到青海、西藏地區(qū)，擁有60多萬戶人口。為實(shí)現(xiàn)割據(jù)野心，他還與沙俄侵略者勾結(jié)，夾擊位于貝加爾湖以東地區(qū)的喀爾喀蒙古。隨后，又以追擊喀爾喀蒙古為名，率騎兵數(shù)萬，進(jìn)攻內(nèi)蒙古，并揚(yáng)言要攻打北京，氣焰囂張。

康熙帝命噶爾丹退兵歸還喀爾喀故地，但噶爾丹有俄羅斯的支持下，有恃無恐，繼續(xù)東進(jìn)?？滴醵拍?1690年)，噶爾丹前鋒抵達(dá)距北京九百余里的內(nèi)蒙古烏珠穆沁部，清廷大為震動(dòng)。清軍初戰(zhàn)失利，噶爾丹乘機(jī)深入到離京城僅七百余里的烏蘭布通(今克什克騰旗境內(nèi))?？滴醯塾H至博洛和屯(河北隆化縣境內(nèi))視師。雙方激戰(zhàn)，清軍以火炮擊潰叛軍用駱駝組成的“駝城”。噶爾丹一面派喇嘛求和，一面向漠北狂奔，還者僅千余人。

三十五年(1696年)，清軍分三路出兵，康熙帝親率中路出征，手繪陣圖，指示方略。噶爾丹為避免被前后夾擊，連夜拔營(yíng)逃跑。西路軍于昭莫多與叛軍相遇，將其大部殲滅。三十六年二月，康熙帝又率軍渡河至寧夏，擒獲噶爾丹之子，噶爾丹走投無路，一夕數(shù)驚，仰藥自殺。

策妄阿拉布坦叛亂。噶爾丹死后不久，其侄策妄阿拉布坦繼立，得到阿爾泰以西的遼闊地區(qū)放牧。勢(shì)力強(qiáng)大后，他糾集準(zhǔn)噶爾部繼續(xù)與清為敵，不僅控制了天山南路、北路地區(qū)，并于康熙五十五年(1716年)進(jìn)兵西藏，次年圍攻拉薩，殺害拉藏汗，大肆搶掠，囚禁達(dá)賴?yán)镆廖鲌?jiān)錯(cuò)，使西藏陷入混亂。清政府派初次派兵前往鎮(zhèn)壓失敗，后又于五十九再次派兵，分兩路入藏，護(hù)送噶桑嘉錯(cuò)入藏坐床，敕封達(dá)賴六世。在西藏人民的幫助下，迅速驅(qū)逐叛軍，使西藏局勢(shì)穩(wěn)定下來。

阿睦爾撒納叛亂。準(zhǔn)噶爾部長(zhǎng)期與清廷為敵，并勾結(jié)俄羅斯煽動(dòng)西北各地反清，成為清廷完成全國(guó)統(tǒng)一的關(guān)鍵。乾隆時(shí)，準(zhǔn)噶爾在喀爾喀、西藏、青海等地勢(shì)力已被清廷基本肅清。策妄阿拉布坦死后，其子噶爾丹策零繼立。乾隆十年(1745年)噶爾丹策零死，準(zhǔn)噶爾部又發(fā)生了長(zhǎng)期內(nèi)亂。十八年，準(zhǔn)部貴族達(dá)瓦齊在輝特部貴族臺(tái)吉阿睦爾撒納(策妄阿拉布坦外甥)的協(xié)助下奪取了統(tǒng)治權(quán)。后兩人發(fā)生沖突，阿睦爾撒納降清，受封為親王。二十年，清軍分兩路向伊犁進(jìn)軍，達(dá)瓦齊迅速敗亡。不久，阿睦爾撒納野心膨脹，要清廷允許他一人獨(dú)領(lǐng)四部，遭清廷反對(duì)后，于二十一年在伊犁發(fā)動(dòng)叛亂。清軍再度攻打伊犁，阿睦爾撒納迅速潰敗，叛逃俄境。清軍繳獲的阿睦爾撒納銀經(jīng)匣中藏有俄邊防當(dāng)局勾引他加入俄國(guó)國(guó)籍的密信，表明了準(zhǔn)噶爾部貴族始終勾結(jié)俄羅斯叛亂的性質(zhì)。由于與沙俄早有勾結(jié)，直到病死，沙俄才把他的尸體交還清政府。

回部大小和卓木叛亂。當(dāng)清朝平定準(zhǔn)噶爾封建主叛亂時(shí)，原來被俘虜?shù)木S族各城首領(lǐng)大小和卓(突厥語穆罕默德后裔的意思)博羅尼與霍集占，乘機(jī)逃回老家，恢復(fù)了權(quán)力。乾隆二十二年(1757年)，他們糾集維族上層發(fā)動(dòng)暴亂，一時(shí)各部從者數(shù)十萬。由于他們?cè)诟鞯亍芭坝闷涿?，厚斂淫刑”，逐漸失掉當(dāng)?shù)厝嗣竦闹С郑孔淙找骐x散。次年，清政府派兵前往鎮(zhèn)壓，并得到維族人民的大力支持，很快平定叛亂。大小和卓狼狽逃至巴達(dá)克山，被當(dāng)?shù)厥最I(lǐng)擒殺，并把尸首還給清朝。平定天山南路后，清政府在喀什噶爾等地設(shè)參贊大臣、辦事大臣，率兵駐守，皆統(tǒng)屬于伊犁將軍，結(jié)束了加部分裂的局面，重新統(tǒng)一新疆。

張格爾叛亂。當(dāng)大和卓博羅尼都喪命后，其子薩木克及家屬逃亡浩罕。嘉慶二十五年(1820年)，薩木克次子張格爾在英國(guó)侵略者的支持下，潛入喀什噶爾，煽動(dòng)維族上層發(fā)動(dòng)叛亂。道光六年(1826年)，張格爾叛軍占領(lǐng)了天山南路的喀什噶爾、英吉沙爾等城，英國(guó)侵略者也隨之而入。張格爾占領(lǐng)天山南路后，到處奸淫婦女，搶掠財(cái)物，引起各族人民的堅(jiān)持反對(duì)。清政府派楊遇春等前去鎮(zhèn)壓，九戰(zhàn)九捷，收復(fù)喀什噶爾等地。次年，清軍追至喀爾鐵蓋山生擒張格爾，送至北京處死，叛亂被鎮(zhèn)壓下去。

由此看來，清代新疆的蒙古人、維族人叛亂，都是家族作業(yè)。不斬草除根的話，很難清除干凈，后患無窮。