納芙蒂蒂在阿蒙諾菲斯三世之子阿肯那頓就位第四年時與他成親。當(dāng)時她約莫15歲，而阿肯那頓也至少有14歲。由于他們兩人的結(jié)合，這位貌美如花的女子一躍成為埃及有史以來最具權(quán)勢的女性君主之一。她受到眾人的敬愛、崇仰與膜拜。在所有重要的場合中，她隨時伴隨君側(cè)-她所享有的地位幾乎等同于法老王本人。但，突然地，這一切卻告無疾而終。直到今日為止，沒有任何證據(jù)能顯示出納芙蒂蒂神秘失蹤的真正原因。在此之前，她的遺骸咸認(rèn)已不可追查。

納芙蒂蒂的出身到底為何?

這位美麗的皇后，其出身背景也同樣的引人疑竇。有一派學(xué)說認(rèn)為，她有可能是米坦尼公主塔杜赫芭(Tadukhepa)，原先是許配給阿蒙諾菲斯三世，后來卻嫁給了他兒子。另外一派學(xué)說認(rèn)為，納芙蒂蒂乃是阿蒙諾菲斯三世與一名寵妾結(jié)合所生。這樣一來，阿肯那頓與納芙蒂蒂便成了同父異母的手足。但是這個理論不可盡信，要不然納芙蒂蒂就會享有“法老王之女”的封號，但事實(shí)卻非如此。

還有一種學(xué)說認(rèn)為納芙蒂蒂是提伊(Ti，也拼做Tiy)與艾伊之女(Ay，也拼做Aya)。根據(jù)此理論，她的父親會是在阿蒙諾菲斯三世朝廷中身居要津的官員，后來更成為了阿肯那頓的心腹。

根據(jù)這個在埃及學(xué)界流傳漸廣的理論，納芙蒂蒂出身自埃及社會中的最高層。然而提伊或許不是這位美貌皇后的生母，根據(jù)證據(jù)顯示提伊很有可能是她的奶媽。

納芙蒂蒂與阿肯那頓法老王兩人攜手進(jìn)行重大的宗教及文化改革。他們最背離傳統(tǒng)的一點(diǎn)在于他們摒棄了埃及自古以來的神祈，并全心供奉太陽神阿頓。

阿肯那頓在位后第15年，法老王夫婦兩人將皇居從底比斯遷移至阿克特阿頓(阿克特阿頓)，意即“阿頓神榮光之地”，但以其阿拉伯文名“阿瑪納”更為人熟知。就算在傳統(tǒng)上為阿蒙神信仰中心的卡納克，也紛紛建筑新的廟宇來崇敬太陽神。

這些廟宇里裝飾有許多納芙蒂蒂的肖像，而由于她也是君主，因此她另外有一個皇室封號“納芙納芙魯阿頓”(Neferneferuaton)，意思是“阿頓神完美無瑕”。

納芙蒂蒂是埃及有史以來在寺廟里與紀(jì)念碑上出現(xiàn)次數(shù)最多的皇后，堪稱空前絕后。這位美貌的皇后很有可能甚至位居大祭司一職，而傳統(tǒng)上此職位是僅有法老王能夠擔(dān)任的。

然而于阿肯那頓在位的末年，納芙蒂蒂卻從圖畫與浮雕上消失了，取而代之的是她六名女兒中的梅莉特阿頓(Meritaton)和安海森帕阿頓(Ankhesenpaaton)。

皇后的下落到底如何呢?長久以來，研究人員相信納芙蒂蒂因?yàn)槭櫠话⒖夏穷D逐出王室?；蛟S這是因?yàn)樗裏o法生育男性子嗣的緣故嗎?另外也有學(xué)說認(rèn)為法老王夫婦兩人遭到人民叛變而被推翻，因?yàn)槿嗣駥㈩D神信仰視為異端邪說。的確，圖坦卡門于1333年繼承王位后，任何喚起阿肯那頓與納芙蒂蒂記憶的事物都遭到有系統(tǒng)的抹滅。 直到今天為止，在阿克特阿頓的陵墓里，只發(fā)現(xiàn)了與阿肯那頓有關(guān)的喪葬物品，這顯示了納芙蒂蒂從未下葬于該地?；屎蟮墓俜剿劳黾o(jì)錄也不可考。