第一次北伐

清順治十四年(1657年)五月，鄭成功傳令準(zhǔn)備北征。重頒了十條禁令：不準(zhǔn)奸淫、擄掠婦女，不許擅毀民房，不準(zhǔn)擄掠男子為伙兵(防奸細投毒)，沿海歸順地方不準(zhǔn)混搶，不許擄掠、宰殺耕牛，不許借坐給牌商船。違者本犯梟示，將領(lǐng)連罪不貸。

七月，鄭成功率軍北伐，八月入海門堯臺州，九月，天臺、太平、海門衛(wèi)相率歸附。但浙閩總督李率泰偵知鄭軍精銳北上，乘機分兵攻陷羅星塔和閩安鎮(zhèn)。鄭成功擔(dān)心兩島有失，只得暫時回師。

第二次北伐

清順治十五年(1658年)三月，鄭成功命各鎮(zhèn)舟師回廈門，在廈門港筑演武亭，精選良將銳卒，整編大軍，訓(xùn)練營伍，籌集糧餉，準(zhǔn)備大舉進攻江南。當(dāng)時，西南地區(qū)的抗清主力大西軍內(nèi)訌之后，力量很弱，很難頂?shù)米∏遘姷拇笈e進攻。他跟抗清將領(lǐng)張煌言聯(lián)合起來。五月十三日，鄭成功留黃廷、洪旭、鄭泰等鎮(zhèn)守廈門，自率甘輝等部北征，舉兵攻入浙江沿海，準(zhǔn)備入長江。六月克鎮(zhèn)江等地，七月逼南京。不幸的是在海上遇到颶風(fēng)，鄭軍面對陌生的海域和突然來臨的臺風(fēng)，鄭成功的船隊頓時陷入了絕境。在巨大的風(fēng)浪中艦船不堪一擊，有的直接葬身魚腹，有的四散漂流，有的則在大陸海岸擱淺。鄭軍官兵和家眷傷亡慘重，僅溺水而死的就有八千余人，其中甚至還有鄭成功的妃嬪和三個兒子。這次猛烈的臺風(fēng)阻止了鄭成功北上的步伐，被迫撤退回廈門，也暫時化解了清軍面臨的危局。

第三次北伐

鄭成功的準(zhǔn)備

清順治十六年(1659年)四月十九日，鄭成功在羊山之難以后經(jīng)過半年多的整補恢復(fù)，聽說清朝于頭年二月調(diào)遣三路大軍進攻云貴永歷政權(quán)，鄭成功于是再次大舉北征。

清順治十六年(1659年)五月十三，鄭成功再次率領(lǐng)大軍從浙江沿海出發(fā)北上。此時，鄭軍共有大小艦船三千余艘，兵馬十萬余萬，鐵人八千。他首先攻占定海(今浙江舟山)，全殲了清軍定海水師，焚毀船只一百余艘，基本消滅了清軍的海上力量，也解除了進軍長江的后顧之憂。

清順治十六年(1659年)六月，為了牽制清軍對南明永歷政權(quán)的三路圍攻，鄭成功與張煌言配合，率領(lǐng)八十三營十七萬水陸大軍，北伐南京。

鄭軍包圍南京

北伐軍水陸并進，不久，攻陷焦山和瓜州，攻占了長江的重要門戶鎮(zhèn)江及其所屬諸縣。清順治十六年(1659年)六月二十六日，鄭成功部前鋒已至南京郊區(qū)，七月十二日，完成了對南京的圍困。在此同時，張煌言率軍沿江而上，占據(jù)太平、寧國、池州、徽州等四府三州二十二縣。清廷知悉，舉朝皆驚。

順治帝驚怒異常，驚慌失措，揚言下令親征。一旦南京再失，東南將不保。接下來，很可能整個長城以南的廣大漢族地區(qū)都會反清。想到這里，順治帝徹底亂了方寸，提出想回關(guān)外的東北老家避風(fēng)頭，遭到他的母親孝莊太后痛罵。清順治十六年(1659年)七月初八，順治帝命內(nèi)大臣達素為安南將軍，統(tǒng)兵增援江南。在鄭成功兵臨城下的時期內(nèi)，南京城里空氣緊張。八旗指揮官喀喀木擔(dān)心城中的百姓為鄭成功充當(dāng)內(nèi)應(yīng)，想要大開殺戒，以絕后患。經(jīng)兩江總督郎廷佐勸阻，才打消了這個念頭，南京也避免了屠城慘劇。當(dāng)時南京城中家家戶戶緊閉門窗，一片肅殺死寂，連雞鳴狗吠的聲音都聽不到。城中糧價飛漲，百姓們又不敢出門買米，甚至有人因此餓死在家中。

清軍反擊

郎廷佐將南京城外靠近城墻的房屋燒毀，把近城十里之內(nèi)的居民全部遷入城中。其次，貼出告示，安定民心，派兵嚴密查訪，杜絕內(nèi)應(yīng)，并嚴懲乘機盜搶作亂之徒。最后加緊儲備糧草，置辦武器，搜集整修船只。此外，增修船槳、繩索等物品，招募舵公、水手，為將來的水陸反攻做準(zhǔn)備。

而此時，鄭成功在祭拜明孝陵的時候，也讓將士們飲酒慶慶祝，被為一時的勝利沖昏頭腦鄭成功，被清軍的詭計約降所迷惑，致使戰(zhàn)事拖延了一月之久。而困守南京城里的清兵總督郎廷佐抓住鄭軍將士慶賀鄭成功生日、“飲酒卸甲”、戰(zhàn)斗意志松懈的有利時機，指揮清軍水陸進襲。 清順治十六年(1659年)七月二十四，清軍南京最高指揮官喀喀木將八旗軍和綠營軍混合編隊，陸上分為三路，水上另有一路，殺出城去，與鄭軍作最后決戰(zhàn)，同時江蘇巡撫蔣國柱遣兵赴援。其具體進攻方向如下：

第一路清軍，從東北、正東、東南、正南、西南、西北六個方向圍攻幕府山鄭軍主力。

第二路清軍，從西面攻擊幕府山。

第三路清軍，從北面進攻幕府山，并伺機焚毀長江上的鄭軍船只，切斷其退回江邊的通路。

第四路清軍，從水路出發(fā)，由提督管效忠率領(lǐng)，攻擊鄭軍江面上的船只。

清軍以火炮轟擊鄭軍營寨，然后便直接展開沖鋒，騎兵也都下馬步行作戰(zhàn)。不到半天時間，鄭軍多處營寨陣地相繼被清軍攻破，剩下的人馬紛紛向江邊潰散。鄭軍水師指揮黃安所部一面拼死抵抗，一面掩護岸上逃來的敗兵和隨軍家眷們撤退，先后從水中救起數(shù)千名跳入江中逃回的鄭軍士兵。激戰(zhàn)中，鄭軍水師共損失了大小船只五百多艘。但他們最終抵擋住清軍的水上攻勢，掩護殘余陸軍撤到船上，避免了全軍覆沒的悲劇。

鄭成功匆忙率領(lǐng)部隊退回金門、廈門，張煌言孤立無援，也退走浙東，北伐終告失敗。

兩軍損失

經(jīng)過七月二十三、二十四兩天激戰(zhàn)，鄭軍的前鋒鎮(zhèn)、左先鋒鎮(zhèn)、援剿右鎮(zhèn)、后勁鎮(zhèn)、前沖鎮(zhèn)、宣毅左鎮(zhèn)、左武衛(wèi)、左虎衛(wèi)等陸軍部隊先后被重創(chuàng)或殲滅，其他部隊也有多少不等的傷亡。以每個鎮(zhèn)的人數(shù)為兩千五人來計算，鄭軍的損失至少在兩萬人以上。同時，還失去了提督、鎮(zhèn)將等高級將領(lǐng)多人。這場戰(zhàn)役是鄭成功軍事生涯中最慘重的一次損失。而清軍在南京之戰(zhàn)中獲得全勝，但也付出了相當(dāng)高的代價。管效忠、梁化鳳等清軍將領(lǐng)都感慨，鄭軍是自己一生征戰(zhàn)中遇到的最強對手。

影響

鄭成功大軍由于遲緩了進攻時間，在各路清軍的反攻下，鄭成功軍遭受重創(chuàng)，大好形勢隨之逆轉(zhuǎn)。而在陸地上堅持抗清斗爭的張煌言也兵敗逃走。北伐失敗后，鄭成功退守廈門。而此時只剩下西南地區(qū)的抗清斗爭也日益變得暗淡了，抗清局面大勢已去，整個抗清形勢轉(zhuǎn)入了低潮。