《乙巳條約》締結(jié)以后，大韓帝國高宗皇帝被日本人控制，韓圭卨則以“宮禁咫尺，舉措失當”為由被罷官并被判處3年的流放徒刑。 [16] 韓國人民聽說了《乙巳條約》締結(jié)后無不悲痛憤慨，史料描述當時的情形說：“自是都下喪氣，坊曲千百成群，大呼：‘國已亡矣!我曹何以生為?’狂醉悲叱，局蹐如靡容。煙火不舉，景色慘沮，如經(jīng)兵燹。倭人派兵巡綽，以備非常，而偶語詆詛，終不能禁，如是者旬月?！笨梢姳Ｗo協(xié)約簽訂后的韓國社會一直處于悲傷郁悶的陰影下。人們將李完用、樸齊純等贊成締約的五大臣稱為“乙巳五賊”，紛紛要求“廢除保護協(xié)約”，“誅滅五賊，驅(qū)逐倭寇”，搗毀賣國賊的家宅。漢城學(xué)生罷課，商人罷市，數(shù)千基督教徒在崇禮門教堂集會，抗議乙巳勒約。有民族氣節(jié)的文武百官接連上疏抨擊保護協(xié)約和乙巳五賊，要求皇帝宣布條約無效，由于皇帝已經(jīng)被日本控制，所以他們的上疏運動以失敗告終，閔泳煥、趙秉世等大臣以死殉國，中國留學(xué)生潘宗禮聽說《乙巳條約》的消息后也蹈海自盡。

《皇城新聞》的主筆張志淵在《乙巳條約》披露后寫下“是日也放聲大哭”為題的報道，他在文章結(jié)尾這樣寫道：“嗚呼痛矣!嗚呼憤矣!我二千萬為人奴隸之同胞!生乎?死乎?檀、箕以來四千年國民精神，一夜之間猝然滅亡而止乎?痛哉痛哉!同胞同胞!”充分表達了韓國人民此刻痛苦的心情。而更多的韓國人則掀起了聲勢浩大的反日義兵運動，武裝抗擊日本的侵略。現(xiàn)在韓語中形容天氣非常黯淡凄冷的習(xí)語是“??????”，本意就是“乙巳年似的”(??????)，可以看出《乙巳條約》給朝鮮民族留下了難以愈合的傷痕。

日本透過這個條約達到了將韓國變?yōu)槠浔Ｗo國的目的，使韓國淪為日本事實上的殖民地。根據(jù)《乙巳條約》第一條和第二條，韓國的外交權(quán)被剝奪，其對外關(guān)系被日本完全接管，未經(jīng)日本允許不得與外國締結(jié)條約。第三條則規(guī)定日本設(shè)立韓國統(tǒng)監(jiān)府以管制韓國的外交，實則管理韓國一切事務(wù)，任意干涉韓國內(nèi)政，是實際上的殖民機構(gòu)，也是大韓帝國皇帝的“太上皇”。韓國皇帝和政府在條約締結(jié)后成為了日本人的傀儡。1906年3月2日，伊藤博文抵達漢城，就任第一任韓國統(tǒng)監(jiān)，建立了統(tǒng)監(jiān)體制。在韓國一方面利用一進會及李完用等親日大臣擴大日本的影響力，一方面對韓國人民的反抗則調(diào)兵來韓，全力鎮(zhèn)壓，對義兵各個擊破，花了3年多的時間才基本平定了反日義兵運動。正如日本學(xué)者所論述的那樣，《乙巳條約》簽訂后，“自三國干涉還遼的十年以來，日本一直想要統(tǒng)治韓國的愿望，大半得以實現(xiàn)”?！兑宜葪l約》可謂是《江華條約》以來日本30年努力的結(jié)果，它的簽訂使日本一舉拿下朝鮮半島，日韓合并只是時間問題了。