建國之初，這個王朝有如突厥汗國，也是一個相當松散的多民族部落聯(lián)合。

中央與汗室

早期喀喇汗王朝的政治體制是阿爾泰語系各民族古老的習慣法“雙王制”，即汗國分為兩部分，由汗族中最長者任大可汗，次長者任副可汗，分別統(tǒng)治汗國的一部分，正汗、副汗的汗號往往帶氏族圖騰如獅子(阿爾斯蘭)、公駝(博格拉)等名。正、副汗之下有四個小汗，分別是阿爾斯蘭伊利克，博格拉伊利克，阿爾斯蘭特勤，博格拉特勤，小汗之下有埃米爾、玉伽、俟斤、伯克、伊難珠匐等頭銜，對應宰相、將軍、侍從官、秘書官等職務(wù)，以此組成嚴明封建等級階梯，逐級晉升，分治各地。

公元10世紀信奉伊斯蘭教后，稱號之下再加伊斯蘭名字和稱號。由于與以薩曼王朝為代表的波斯—伊斯蘭文明頻繁接觸，逐漸吸收波斯薩曼王朝中央集權(quán)制度，加以糅合發(fā)展，喀喇汗王朝在一些比較重要的地區(qū)設(shè)立省份、城市、州縣，任命埃米爾、伯克等官僚進行統(tǒng)轄。并在中央設(shè)立“迪萬”(dawani，國務(wù)會議)，宗教事務(wù)所等機構(gòu)，協(xié)助汗室處理政治、司法與宗教事務(wù)。

薩圖克·布格拉汗·阿卜都·卡里姆卒于955年。他一生最重要的事跡，是在西部突厥各族人民與穆斯林世界頻繁交往二百五十余年的基礎(chǔ)上，首先皈依伊斯蘭教。子木薩繼位，20萬帳突厥人接受了伊斯蘭教，于是喀喇汗王朝便成為中國境內(nèi)第一個接受伊斯蘭教的突厥語民族建立的王朝。

同時，王朝的歷代可汗在稱號中大多都附加“喀喇汗” 這一表示維護傳統(tǒng)的顯赫尊號，后世的史學家才特別地稱其為“喀喇汗王朝”，此外，王朝大汗的頭銜中又往往附加一個稱號——”“桃花石汗”，其明確含義即為“中國君王”。

汗位的繼承，是傳長制，不是嫡承制。大可汗稱為阿爾斯蘭喀喇可汗，駐巴拉沙袞(今吉爾吉斯斯坦共和國托克馬克東)，以后隨著王朝統(tǒng)治民族定居農(nóng)業(yè)文化的發(fā)展，多駐喀什噶爾。所以喀什噶爾又稱為“斡耳朵坎特”。副可汗稱博格拉喀喇可汗，初駐怛邏斯(今哈薩克斯坦共和國塔拉斯)，中遷喀什噶爾，后又遷回怛邏斯，公元893年，怛羅斯被波斯薩曼王朝攻占，遂遷至喀什噶爾，公元999年滅薩曼王朝后，撒馬爾罕(今烏茲別克斯坦撒馬爾罕)、布哈拉(今塔吉克斯坦布哈拉)成為汗國新的政治、經(jīng)濟中心。

喀喇汗王朝在王朝的直轄領(lǐng)地，再不分封，實行中央集權(quán)。取消了分封制，這在中亞史上是一個具有里程碑意義的重大進步，它極大改變了新疆以及中亞南部千百年來分裂割據(jù)的局面，而且有效地保證了中央集權(quán)。所以喀喇汗一代，除東西喀喇汗分家之外，從未見有地方政權(quán)獨立、封建領(lǐng)土混戰(zhàn)的記載，這有利于社會的安定和生產(chǎn)的發(fā)展。

盡管喀喇汗王朝實行中央集權(quán)，但汗國仍具有一定的分裂趨勢。問題的根源就在于雙汗制度，大汗直接統(tǒng)治東部，汗廷在八剌沙袞(Balasagun)，副汗治怛邏斯(Talas)和喀什(Kashgar)。雙汗都享有軍事權(quán)，對汗國的統(tǒng)一是一大隱患。

地方

汗國奉行軍功爵制。汗國的基層官僚大部分是軍隊之中的下級軍官，普通的汗國臣民，想要進入汗國的政治階層，必須要踴躍參軍，在戰(zhàn)場之上英勇殺敵，并立下足夠的戰(zhàn)功，軍功是接受爵位、俸祿與土地的必要條件。立下的軍功越大、越多，收到的賞賜也就越多，得到的官位也就層層遞進，以此類推。此外，一個地區(qū)的繁榮程度也是對官員政績的考核。

汗國之中，定居民族與游牧民族并存，二者在汗國的社會結(jié)構(gòu)之中都占據(jù)著半壁江山，喀喇汗王朝統(tǒng)治者根據(jù)農(nóng)業(yè)民族與游牧民族的不同特點，分設(shè)機構(gòu)進行管理，農(nóng)業(yè)民族聚居區(qū)域設(shè)立省份、州縣，游牧民族仍以部族為基本行政單位。

汗國北部的巴爾喀什湖地區(qū)，七河流域，伊犁河流域是一片特殊區(qū)域，這片地方由葛邏祿人組成的政治實體統(tǒng)治，葛邏祿各部擁有約15座城邑，由喀喇汗大汗任命諸個葉護、小可汗、酋長控制，享有較高的半自治權(quán)力，定期向汗國中央繳納賦稅，提供勞役與兵力。