斐遜擔(dān)任駐法大使期間，美國(guó)的馬塞諸塞州爆發(fā)了謝司起義(Shay’s Rebellion,1786-1787)。

參加過革命戰(zhàn)爭(zhēng)的軍人謝司率領(lǐng)1200人攻擊了當(dāng)?shù)芈?lián)邦軍的火藥庫(kù)，但被擊退。起義的原因是小農(nóng)無法負(fù)擔(dān)沉重土地稅和高額的訴訟費(fèi)，面臨失去財(cái)產(chǎn)、因無法償還債務(wù)而入獄的危險(xiǎn)。杰斐遜得知此事，寫信給大陸會(huì)議議員、未來的總統(tǒng)詹姆斯·麥迪遜，主張對(duì)起義者實(shí)行寬大處理。在信中他討論了三種社會(huì)形式。第一種是無政府社會(huì)，如印第安人的社會(huì)。第二種是有政府社會(huì)，其中每一個(gè)公民都有使自己的意愿發(fā)揮影響的渠道。英國(guó)社會(huì)在較小程度上是如此;美國(guó)在更大程度上是如此。第三種是專制政府，是狼群治理羊群的政府。這種形式無疑是邪惡的、不可取的。第一種社會(huì)形式是否最好，不能肯定，但對(duì)于人口眾多的社會(huì)來說，是不適宜的。第二種形式具有很多優(yōu)勢(shì)。它使社會(huì)中的大多數(shù)成員能夠享受自由和幸福。但它也有弊病，其中最大者是易于發(fā)生騷動(dòng)。

但與專制政府的統(tǒng)治下受到的壓迫相比較，這一弊病則微不足道了。杰斐遜說，如果要他選擇，他寧可要?jiǎng)邮幍淖杂?，而不要安定的奴役。甚至這一弊病也會(huì)產(chǎn)生良好的后果。它可以預(yù)防政府的腐化變質(zhì)，培養(yǎng)公眾對(duì)政治的關(guān)注。杰斐遜認(rèn)為，偶爾發(fā)生一些小規(guī)模的動(dòng)亂，是一件好事，在政治生活中是必要的，正如暴風(fēng)雨在自然界中是必要的一樣。民眾起義本身表明他們的權(quán)利受到了侵蝕;鎮(zhèn)壓起義，會(huì)使他們的權(quán)利受到進(jìn)一步的侵蝕。動(dòng)亂是使政府保持健康的一劑良藥。正直的政府官員應(yīng)對(duì)起義者寬大處理，不要采取高壓政策。這封信充分表現(xiàn)出一個(gè)杰出政治家的高瞻遠(yuǎn)矚和寬廣的胸懷。

由于杰斐遜等人的影響，謝司起義的參加者后來都被赦免。謝司本人先被判處死刑，但一年后也被赦免。

杰斐遜對(duì)奴隸制口誅筆伐，自己卻擁有奴隸。雖然當(dāng)時(shí)廢除奴隸制時(shí)機(jī)尚未成熟，但釋放自家的奴隸似乎并非難事。即使像他那樣的偉人，也難以擺脫歷史的局限。