希臘和土耳其之間的糾葛由來已久。11世紀時，塞爾柱突厥人進攻希臘所屬的拜占庭帝國，希臘人和突厥人開始交惡。14-15世紀，奧斯曼土耳其帝國與拜占庭帝國的沖突達到高潮。1453年，拜占庭帝國首都伊斯坦布爾被奧斯曼土耳其攻占，拜占庭帝國滅亡。希臘大部分領土被突厥人統(tǒng)治。

希臘人具有悠久的古代文明，而突厥人是落后的游牧民族。因此，突厥人統(tǒng)治時期被希臘人視作黑暗時代。希臘人的反抗也從未停止。在奧斯曼帝國與威尼斯人、俄羅斯人作戰(zhàn)時，希臘人總是暗中支持突厥人的對手。

1821年，希臘獨立戰(zhàn)爭爆發(fā)。希臘人的獨立訴求得到英國、法國、俄國的支持。1827年，希臘人在在納瓦里諾(Navarino)海戰(zhàn)中取得決定性勝利。1830年，土耳其接受英法俄簽署的《倫敦議定書》，承認希臘獨立。

(1830年，首任奧斯曼駐希臘大使赴任)

彼時，眾多希臘語地區(qū)如塞浦路斯等仍被奧斯曼土耳其統(tǒng)治。而希臘人的理想是恢復拜占庭帝國的疆域。因此，在后來的克里米亞戰(zhàn)爭、俄土戰(zhàn)爭、歷次巴爾干戰(zhàn)爭及第一次世界大戰(zhàn)中，希臘都站在奧斯曼帝國的對立面。

第一次世界大戰(zhàn)時，希臘參戰(zhàn)目標是獲得伊斯坦布爾、伊茲密爾等地。英法則承諾將希臘族為主體的塞浦路斯歸還希臘。1918年奧斯曼帝國崩潰，希臘軍隊占領了伊茲密爾等地，但是很快被土耳其共和國軍隊驅(qū)逐出去。

1930年，希臘和土耳其簽署協(xié)議，希臘放棄對土耳其的領土訴求。1934年，希臘和土耳其與南斯拉夫、羅馬尼亞等簽署《巴爾干協(xié)定》，承諾相互提供援助，并以和平方式解決爭端。1941年，希臘遭遇災荒，土耳其是第一個提供援助的國家。

二戰(zhàn)結(jié)束后，希臘和土耳其均成為美國盟國。1952年，兩國同時加入北約。1954年，希臘、土耳其和南斯拉夫簽署新的《巴爾干協(xié)議》，相互支持共同防御蘇聯(lián)。但是好景不長，從20世紀50年代起，希土關系就因為塞浦路斯問題顯著惡化。

當時，塞浦路斯的希臘人強烈要求和希臘合并，這引發(fā)塞浦路斯土耳其族的不滿。兩國針對對方族裔的攻擊開始出現(xiàn)，雙邊關系惡化。最終，希臘停止了和土耳其的所有合作，《巴爾干協(xié)定》也名存實亡。1960年，英國允許塞浦路斯獨立，希臘和土耳其均在島上駐軍，保護各自族裔居民。同年，塞浦路斯共和國成立，希土兩族組成聯(lián)合政府。但是1963年，兩族發(fā)生武裝沖突，聯(lián)合政府崩潰。1974年，土族的北塞浦路斯宣布獨立建國，由此造成塞浦路斯的南北分立局面。時至今日，塞浦路斯問題一直是希臘和土耳其關系的“痛點”。