1789 年法國(guó)大革命的爆發(fā)徹底改變了醫(yī)院騎士團(tuán)的命運(yùn)。新成立的法國(guó)國(guó)民議會(huì)(National Assembly)強(qiáng)力推行宗教改革。通過(guò)《教士的公民組織法》等系列法案，主教的權(quán)力受到限制，教士改由人民選舉產(chǎn)生，教會(huì)的財(cái)產(chǎn)被收歸國(guó)有，神職人員需向法國(guó)國(guó)王效忠—最終的目的是切斷羅馬教廷對(duì)法國(guó)教會(huì)的控制，實(shí)現(xiàn)教會(huì)的獨(dú)立自主及世俗化。以上種種舉措對(duì)天主教世界的沖擊可想而知。

1792 年9 月19 日，騎士團(tuán)在法國(guó)的全部財(cái)產(chǎn)被沒收(價(jià)值高達(dá)1.12 億里弗爾)，逃離法國(guó)的法籍醫(yī)院騎士遭到缺席審判，巴黎分部被革命政府改建為監(jiān)獄，用于囚禁王室成員。雪上加霜的是，隨著法國(guó)軍隊(duì)走出國(guó)門作戰(zhàn)，他們每到一處便同樣沒收醫(yī)院騎士團(tuán)的財(cái)產(chǎn)。騎士團(tuán)位于意大利和萊茵河左岸的分部因此損失慘重。西班牙、葡萄牙、那不勒斯、西西里等國(guó)君主也紛紛落井下石，開始對(duì)騎士團(tuán)征收10% 的賦稅。與此同時(shí)，大批法國(guó)難民涌入馬耳他，其中不少是被缺席判處死刑的法籍醫(yī)院騎士，他們額外加重了騎士團(tuán)的負(fù)擔(dān)。

在法國(guó)大革命的亂世中，一位來(lái)自科西嘉島的青年軍官拿破侖•波拿巴已脫穎而出。1798 年拿破侖提出遠(yuǎn)征埃及，以便為法國(guó)打通東方之路。1798 年4月，拿破侖•波拿巴被任命為新組建的“東方軍團(tuán)”的司令官，布呂埃斯海軍中將任艦隊(duì)司令，其中，拿破侖麾下的陸軍人數(shù)達(dá)2.9 萬(wàn)余人。而若要橫渡地中海進(jìn)攻埃及，馬耳他是一座無(wú)法繞開的橋頭堡。

拿破侖很早便意識(shí)到馬耳他的戰(zhàn)略價(jià)值，1797 年11 月，拿破侖派遣一位密使艾蒂安•普西耶爾格登上了馬耳他島。他手握一份長(zhǎng)長(zhǎng)的名單，上面是所有可能同情、支持法國(guó)革命政府的騎士團(tuán)成員。而著名的騎士團(tuán)法籍地質(zhì)學(xué)家德奧達(dá)•德•多洛米厄已經(jīng)被拿破侖策反，他積極活動(dòng)，拉攏團(tuán)友倒戈。拿破侖的秘密戰(zhàn)取得了碩果： 70—80 名騎士團(tuán)成員最終選擇了“棄暗投明”，其中便包括改革派領(lǐng)袖、羅昂曾經(jīng)的重要幕僚讓•德•博斯勒東•蘭西亞(時(shí)任騎士團(tuán)財(cái)務(wù)官)。具有諷刺意味的是，這些騎士團(tuán)叛徒中，法國(guó)人并不多。200 余名從法國(guó)出逃馬耳他的騎士經(jīng)歷了喪失家園之痛，大部分屬于堅(jiān)定的主戰(zhàn)派(普西耶爾格的報(bào)告顯示，只有15 位法國(guó)騎士是可能被收買的)。

1798 年5 月，拿破侖率部抵達(dá)土倫。5月19 日，陣容龐大的法國(guó)東方軍團(tuán)正式開拔。此時(shí)馬耳他共有10.4 萬(wàn)名居民(馬耳他本島9 萬(wàn)人)、332 名騎士(其中282 人可作戰(zhàn))和約6000 名守軍，還有4000 名民兵可動(dòng)員。此外騎士團(tuán)總共儲(chǔ)備了4 個(gè)月的糧食和750 噸火藥。以守軍的實(shí)力，尚能與法軍一戰(zhàn)，至少可固守待援，但大團(tuán)長(zhǎng)依舊將希望寄托于俄國(guó)、英國(guó)的干預(yù)上，遲遲不愿發(fā)起總動(dòng)員。的確，英國(guó)艦隊(duì)正在霍雷肖•納爾遜的率領(lǐng)下一路跟蹤法國(guó)艦隊(duì)，但惡劣的天氣延誤了他們的行動(dòng)，直到6月20 日馬耳他已淪陷后，納爾遜才收到洪佩施的求援。

6 月4 日，斐迪南•馮•洪佩施收到了一封來(lái)自德國(guó)分團(tuán)的密信，信中表示，有確切情報(bào)證明，從土倫出發(fā)的法國(guó)艦隊(duì)的目標(biāo)不僅僅是埃及，還包括馬耳他島。匪夷所思的是，大團(tuán)長(zhǎng)竟無(wú)動(dòng)于衷。“讓我們向上帝祈禱馬耳他不會(huì)受到攻擊。”他輕描淡寫地說(shuō)。直到6 月6 日，法國(guó)先遣艦隊(duì)已出現(xiàn)在馬耳他外海，洪佩施才意識(shí)到危險(xiǎn)臨近，倉(cāng)促地動(dòng)員備戰(zhàn)。在緊急召開的戰(zhàn)前會(huì)議上，他坦誠(chéng)自己對(duì)軍事一竅不通，將指揮權(quán)拱手交予11 位高官組成的軍事參謀團(tuán)。洪佩施確有自知之明，也試圖表現(xiàn)出用人不疑的姿態(tài)，但他本應(yīng)細(xì)細(xì)甄別部下的忠誠(chéng)度—11 人中，竟有4 人早已暗中投靠了拿破侖•波拿巴。除了蘭西亞之外，還包括城防司令、炮兵總監(jiān)和工兵總監(jiān)。特洛伊木馬已經(jīng)蓄勢(shì)待發(fā)。騎士團(tuán)大元帥洛拉斯對(duì)團(tuán)長(zhǎng)忠心耿耿，他組織了3 艘戰(zhàn)艦試圖攔截法國(guó)艦隊(duì)。這無(wú)異于以卵擊石，計(jì)劃失敗后大元帥的威望也隨之跌到了谷底，于是騎士團(tuán)的指揮官們就開始各自為政了。

1798 年6 月9 日，法國(guó)艦隊(duì)(包括14 艘戰(zhàn)列艦、30 艘護(hù)衛(wèi)艦、300 艘運(yùn)輸艦)抵達(dá)馬耳他大港區(qū)外。拿破侖彬彬有禮地派人通知大團(tuán)長(zhǎng)，希望能夠靠岸補(bǔ)給淡水，休整人員。大團(tuán)長(zhǎng)則依據(jù)三十年前與法國(guó)簽署的條約，一次只允許4 艘法艦入港，但他同意向法國(guó)海員開放馬耳他醫(yī)院，以釋放善意。以此為借口，第二天拿破侖正式下令法軍發(fā)起全面進(jìn)攻。至10 日中午，已有1.5 萬(wàn)名法國(guó)士兵在馬耳他的11 個(gè)不同地點(diǎn)登陸。西班牙王國(guó)已與法國(guó)正式結(jié)盟，騎士團(tuán)西班牙語(yǔ)區(qū)領(lǐng)導(dǎo)人唐•費(fèi)利佩•德•阿馬特因此禁止部下參與抵抗。于是多數(shù)西班牙騎士在他們的會(huì)館內(nèi)以靜坐的形式迎接法國(guó)人的到來(lái)。當(dāng)天晚上，人們發(fā)現(xiàn)阿馬特在自己海邊的官邸內(nèi)與法國(guó)將軍們把酒言歡。蘭西亞也于拿破侖宣布入侵時(shí)，以不愿對(duì)抗基督徒為由，掛冠而去。騎士團(tuán)面臨分崩離析的窘?jīng)r，而大團(tuán)長(zhǎng)似乎束手無(wú)策。

如果騎士團(tuán)堅(jiān)定地依托蒂涅要塞、科托內(nèi)拉防線據(jù)險(xiǎn)固守，或許能令拿破侖陷入一場(chǎng)持久戰(zhàn)。這正是后者要竭力避免的，據(jù)說(shuō)法國(guó)統(tǒng)帥秘密下令，若戰(zhàn)事久拖不決，影響到遠(yuǎn)征埃及，就放棄馬耳他島。但騎士團(tuán)并無(wú)統(tǒng)一的指揮，部分沖動(dòng)的前線指揮官選擇主動(dòng)出擊，希望將法國(guó)人趕下海。面對(duì)拿破侖的精兵，久疏戰(zhàn)陣的騎士團(tuán)陸軍在野戰(zhàn)中很快潰不成軍，殘部狼狽地撤回了瓦萊塔。目睹初戰(zhàn)失利，弗洛里亞納的守軍竟選擇了不戰(zhàn)而逃。一片混亂中，騎士團(tuán)的軍旗亦被法軍繳獲。當(dāng)然，騎士團(tuán)中仍不乏盡忠職守、堅(jiān)韌不屈的勇士：蒂涅要塞司令官已經(jīng)80 歲高齡，依然與部下生死與共，絕不后退半步;喬瓦尼•托馬西以區(qū)區(qū)400 名民兵死守納沙爾防線(the Naxxar Lines)，對(duì)抗法國(guó)將軍巴拉杰•迪里埃的一整個(gè)師……可惜個(gè)別英雄事跡無(wú)法扭轉(zhuǎn)馬耳他的局面。至10 日晚，法軍已控制森格勒阿半島，并在蒂涅要塞外架設(shè)重炮，馬耳他主要城市均陷入了重圍。

與1565 年的情況迥異，馬耳他人也與騎士團(tuán)離心離德，在很多百姓看來(lái)，法國(guó)人占多數(shù)的騎士團(tuán)與兵臨城下的拿破侖并無(wú)本質(zhì)不同，這只是一場(chǎng)法國(guó)人之間的“內(nèi)斗”。因此，他們寧可選擇置身事外。11 日凌晨，一批馬耳他貴族代表涌入大團(tuán)長(zhǎng)宮，叫嚷著必須馬上與拿破侖和談。大團(tuán)長(zhǎng)的部下氣憤地威脅要絞死這批叛國(guó)者，但洪佩施卻只是平靜地送他們離去。第二天，盡管大元帥雙膝跪地懇求大團(tuán)長(zhǎng)務(wù)必堅(jiān)持到英國(guó)艦隊(duì)抵達(dá)，后者還是決定與拿破侖談判。11 日晚6 點(diǎn)，在多洛米厄的斡旋下，雙方暫時(shí)停火。馬耳他騎士團(tuán)的使節(jié)登上了拿破侖的旗艦“東方”號(hào)。

平心而論，洪佩施并非準(zhǔn)備賣國(guó)求榮，他賦予使團(tuán)的任務(wù)是盡可能為馬耳他爭(zhēng)取有利的條件，而非無(wú)條件投降。但他又一次用人失察，使團(tuán)的三位主要成員中，團(tuán)長(zhǎng)竟是西班牙人唐•費(fèi)利佩•德•阿馬特，第二位是暗中倒戈的讓•德•博斯勒東•蘭西亞，只有來(lái)自意大利語(yǔ)區(qū)的騎士弗里薩里有希望為騎士團(tuán)仗義執(zhí)言。不幸的是，他竟因暈船在交涉過(guò)程中幾乎一語(yǔ)未發(fā)(他的法語(yǔ)原本就很蹩腳)。在拿破侖發(fā)出最后通牒后，使團(tuán)屈服了，他們幾乎全盤接受了法國(guó)人苛刻的協(xié)議。

阿馬特等人將這份恥辱的協(xié)定帶回大團(tuán)長(zhǎng)宮后，洪佩施目瞪口呆，試圖拒絕簽字，但他也明白，大勢(shì)已去，馬耳他的淪陷無(wú)可挽回。當(dāng)騎士團(tuán)將領(lǐng)圖爾•杜皮恩從前線返回準(zhǔn)備向大團(tuán)長(zhǎng)匯報(bào)時(shí)，他得知了這一噩耗。面色蒼白的洪佩施對(duì)他說(shuō)：“我們失去了一切。”杜皮恩回答說(shuō)：“一時(shí)得失無(wú)須掛懷。榮譽(yù)永存。”

1798年拿破侖登上馬耳他島，查理·艾蒂安·皮埃爾·莫特(CharlesEtienne Pierre Motte，1785—1836)繪制

離開了馬耳他島之后，耶路撒冷圣約翰醫(yī)院騎士團(tuán)就此失去了領(lǐng)土，但作為一個(gè)組織仍然存在，雖然騎士團(tuán)在馬耳他島的主權(quán)權(quán)利透過(guò)1802年亞眠條約(Treaty of Amiens)的簽訂而得到英、法等國(guó)的承認(rèn)，但騎士團(tuán)卻從未被允許回到該島。爾后騎士團(tuán)于1834年在羅馬重建總部，終于再次穩(wěn)定下來(lái)。騎士團(tuán)的軍事使命已經(jīng)完結(jié)，此后主要從事慈善事業(yè)。

今天，馬耳他騎士團(tuán)在聯(lián)合國(guó)享有永久觀察員實(shí)體的地位，但馬耳他騎士團(tuán)并沒有任何領(lǐng)土，它設(shè)在羅馬的總部馬耳他宮，是位于羅馬市孔多迪大街68號(hào)，占地1.2萬(wàn)平方米的大廈。但這并非其領(lǐng)土，該宗土地主權(quán)屬于意大利，租借給馬耳他騎士團(tuán)，同時(shí)意大利給予該大樓外交待遇。